L'inventaire des manuscrits de la Société de géographie compte plus de 300 pages. Il est accompagné d'un index triple, géographique, par auteurs et par sujets. Le fonds est constitué de trois séries : 38 boîtes de "cartons", 219 de manuscrits in-folio, in-4° et in-8°, et une centaine de "colis". L'essentiel de ce fonds est constitué de documents ayant trait aux activités de la Société : correspondance, articles pour le Bulletin ou La Géographie. Y figurent aussi un certain nombre de manuscrits acquis par le prince Roland Bonaparte concernant principalement les anciennes colonies néerlandaises : Guyane, Indes orientales. La Société possède aussi deux manuscrits de Jules Verne : le département des Cartes et Plans de la Bibliothèque nationale de France et la Société de géographie ont financé en 1991 le travail de restauration de l'un des plus prestigieux fleuron de la Réserve de la bibliothèque de la Société : le manuscrit de Vingt mille lieues sous les mers et, ce que l'on ignore généralement, un fragment de Cinq semaines en ballon, romans publiés respectivement en 1870 et 1893. Comme autres livres précieux, signalons simplement une édition rarissime des Singularitez de la France antarctique, par André Thevet, parue en 1557, à Paris, chez les héritiers de Maurice de La Porte, ou encore le De Nuper sub D. Carolo repertis insulis, intéressant la découverte de l'Amérique, publié à Bâle en 1521.